核酸基因技术--生物岛网

质粒提取:质粒DNA提取及琼脂糖凝胶电泳检测

  细菌培养物加入SDS和NaOH碱性溶液处理后,菌体裂解,可使细菌的质粒DNA、染色体DNA和RNA一起从细胞内出来,经琼脂糖凝胶电泳,因各种核酸的迁移率不同将上述核酸分成不同的带.用溴化乙锭(EB)染色后,在紫外线灯下可看到各种核酸带发出的荧光.根据荧光的,可区分不同的核酸带.【材料】...

Sci Adv:科学家鉴别出诱发心脏病发生的关键基因

  2017年6月12日 讯 /生物谷BIOON/ --心脏病在美国每年能诱发60万人死亡,而且每四个人中至少有一人死于心脏病,尽管生活方式会直接诱发该病,但遗传因素在疾病的发生过程中也...

探究某个基因的外显子覆盖度情况【直播】我的基因组87

  根据这个图,我们就可以很明显的看出,DMD基因NM_000109本的1,10-17号外显子缺失,用IGV一个个的看这些外显子区域,是同样的结果!可能是芯片捕获不到,也可能是样本本身变异,造成的段缺失。但是这个图的信息就非常有用!(当然,这个肯定不是我的啦,我很正常的哦)...

DNA提取与纯化:MinElute DNA纯化技术

  医学界的技术创新趋势一直都是更准确、更简单、更快速、更廉价、更便携,不断改善治疗效果,提升病人医疗体验,降低医疗成本。对此,笔者过去曾在多篇文章中都有过介绍,相关文章整理到在医疗电子创新专题生物传感器与芯片实验室专题两个专题中。...

微接触印刷技术取得新进展:未来疾病诊断将更便捷!

  医学界的技术创新趋势一直都是更准确、更简单、更快速、更廉价、更便携,不断改善治疗效果,提升病人医疗体验,降低医疗成本。对此,笔者过去曾在多篇文章中都有过介绍,相关文章整理到在医疗电子创新专题生物传感器与芯片实验室专题两个专题中。...

质粒提取:氯化铯-溴化乙锭梯度平衡离心法纯化闭环DNA:连续梯度法

许多年来,纯化大量质粒 DNA 的首选方法是 CsCl- 溴化乙锭梯度密度离心法.但由于这种方法耗时费钱,于是发展了许多其他方法,包括差异沉淀法和柱层析法.尽管如此,许多传统的人仍然认为,用 CsCl- 溴化乙锭梯度密度离心法纯化的质粒 DNA 是最纯最好的.由于用 CsCl- 溴化乙锭梯度密度离心法纯化的闭环 DNA 有宿主菌的小片段 DNA 和 RNA 的污染,这些小片段比质粒 DNA 需要更长的是 ianzaiCsCl- 溴化乙锭梯度中达到平衡.因此当闭环 DNA 达到平衡时,小片段仍在不同梯度均与...

“牙疼”?别怪基因了

“糖的摄取以及口腔内的酸性物质,一直是牙科界的信条之一。”该研究高级作者、美国克雷格·文特尔研究所(JCVI)所长 Karen Nelson 说,“这一工作表明,依据变化而获得的特定细菌,易蛀牙。”...

“基因剪刀”CRISPR Cas9 技术使新细胞模型更有效地测试基因治疗的疗效

  慢性肉芽肿病是免疫系统的遗传性疾病。由于基因缺陷,受影响患者的细胞不能摄入的细菌和真菌,引起危及生命的感染和具有严重不良后果的过度炎症反应。该疾病可以通过从健康供体的骨髓移植形成血液的干细胞来治愈。当没有匹配的干细胞供体可用时,可以在全世界的几个进行基因治疗。临床上在患者中使用基因治疗之前,必须在实验室中对人细胞确定治疗的功效,细胞模型对于这一步骤是最重要的。...

质粒提取:质粒的不相容性

  携带相同复制子的质粒是从细胞中的质粒库中随机挑选出来进行复制的.但是,这并不能确保两个不同的质粒在一个菌落中的拷贝数总能保持相同.例如,较大的质粒比较小的质粒需要更多的复制时间,因而在同一个菌落的每个细胞中其选择地位处于劣势.即使质粒大小相似,可可能不相容,这是因为在各个细菌细胞中来自随机过程的复制起始效率是不平衡的.这种不平衡可以很快导致两种质粒在拷贝数上严重失衡.在一些细胞中,一种质粒处于绝对优势;而在另一些细胞中,与之不相容的另一种质粒却占尽上风.在无选择条件下,细菌生长几代之后,占少数的质粒可...

是时候来一波RNA-Seq差异表达分析实操了

  当然你完全不必真的去睡午觉,我们可以程序运行的时候准备一下tximport所需要的输入文件。...

审核25年 首个供食用转基因三文鱼上市

  “这是首个供食用的转基因动物产品上市,是里程碑式的事件。”中科院水生生物研究所研究员胡炜告诉科技日报记者,这是转基因动物育种研究与开发应用的典范,对其他转基因食用动物上市有重要借鉴意义。...

DNA提取与纯化:几种海藻及海洋细菌的DNA制备方法

海洋浮游生物生物量较小,往往需要采集大量的海水样本,过滤收集特定粒径的浮游生物.这里介绍的是一种简单、快速、实用的符合基因PCR扩增需要的浮游生物模板DNA制备方法.1、取40 μL水样,与等体积0.25 mol/L NaOH混合,并于25 ℃温育过夜.2、99 ℃加热10 min,冷却至室温,简单离心收集溶液,依次加入8 μL 1 mol/L HCl,20 μL 0.5 mol/L Tris-HCl(pH 8.0)和10 μL 2% (v/v,体积分数)Triton X-100,...

DNA提取与纯化:外周血DNA提取技术

2. 消化:上述DNA提取液混悬白细胞,37℃水浴温育1h后,加入1mg/ml蛋白酶K0.2ml,至终浓度为100-200ug/ml,上下转动混匀,液体变粘稠.50℃水浴保温3h,裂解细胞,消化蛋白.保温过程中,应不时上下转动几次,混匀反应液....

DNA提取与纯化:酵母DNA微量制备

  这次的试验结果早于预期,是一个出乎意料的惊喜,阿斯利康希望该药物成为一款年销售额达数十亿美元的重磅级药物。该公司表示正与监管机构讨论这款药物的上市申请事宜。“对于不适合手术的局部晚期肺癌患者来说,这些结果是无比令人鼓舞的,”阿斯利康全球药品发展执行副总裁Bohen在一份声明中如是称。...

DNA提取与纯化:从96孔微培养板生长的哺乳动物细胞中分离DNA

5、将叶子移出温箱,取出培养板平放在工作台上,冷却数分钟,每孔加入100ul NaCl/乙醇溶液.不用混匀,直接将培养板于室温温育30min.温育末期硬件到纤维状的核酸沉淀....

Nat Genetics:突破!科学家首次鉴别出诱发失眠症的7个风险基因

失眠症或许是日常生活中我们所面对最多的健康抱怨了,甚至在治疗后,睡眠不足也一直困扰着人们的健康,本文研究中研究者发现了和失眠症相关的风险基因,这对于诱发失眠症的原因非常重要。研究者Van Someren认为,这项研究是从神经元之间“交流沟通”的水平上对失眠症进行理解,我们希望后期能够开发出治疗失眠症的新型疗法。...

“Dark DNA”改变我们对基因组进化的思考

但在某些情况下,我们面临着一个谜题。一些动物的基因组似乎缺少某些基因,但是这些基因会出现在其他类似的里,而且动物的存活都必须有这些基因的存在。这些明显缺失的基因被称为“Dark DNA”,而它的存在可以改变我们对进化的思考方式。...

“晶晶”成为首只完成“基因组草图”大熊猫

  据成都大熊猫繁育研究研究中心专家沈福军研究员介绍,2008年1月,由华大基因深圳研究院牵头,在深圳市盐田区万科东海岸举行了“2008大熊猫基因组计划”协调会议。会议决定,由深圳华大基因研究院负责,中国科学院昆明动物研究所、中国科学院动物研究所、成都大熊猫繁育研究、中国大熊猫研究中心共同承担“大熊猫基因组草图(框架图)”的绘制。...

新技术使科学家对人类脑部疾病的认识更近了一步

  要充分了解大脑功能和功能障碍,重要的是能够使整个大脑的解剖学和活动变化可视化。可以区分各个细胞的高分辨率脑成像和获取的数据的定量比较对于显示大脑如何受到疾病的影响至关重要。...

lncRNA想发好文章?这波新工具要知道

  nanoCAGE、MERFISH、SHAPE、PAR-CLIP是什么鬼?最近师兄打算尝试一下,就看老板愿不愿意割肉了!...

基因测序携大数据打通上下游

  近年来,全球基因组学应用行业不断实现技术突破,行业发展势头良好,科研、医疗卫生机构和普通对基因测序的接受程度越来越高。据BCCResearch预计,基因测序行业将保持快速增长势头,2020年市场规模将达138亿美元,年复合增长率为18.7%。...

质粒提取:寻找适合特殊用途的质粒载体

不幸的是,描述具有特殊性能、适于特殊目的质粒载体的文献并入容易获得.显然,使用带有逻辑运算符AND、OR和NOT并能进行布尔(Boolean)检索的数据库,如Medline、Entrez和PubMed,将大有裨益.例如,用(p15Aor IncFⅡ)[TW]ANDT7[TW]AND low-copy-number作为检索词,搜索以Medline为基础的数据库,可以获得标题含“low-copy-number”,正文含有“T7”,以及“p15A”或“IncFⅡ”的一串参考文献.此外,描述的或新质粒载体的文章通...

利用表达PD-L1的造血干细胞有望治疗1型糖尿病

  这项研究灌注到这些小鼠中的这些事先经过处理的造血干细胞到达胰腺(产生胰岛细胞的地方)中。几乎所有的这些小鼠在短期内都被治愈了,而且这些小鼠中的三分之一在它们的生命当中维持正常的血糖水平。不论是通过基因疗法还是利用小进行预处理让造血干细胞产生PD-L1,这种治疗方法都是有效的。...

动物所细胞核内Net1调控TGF-β信号转导机制

  TGF-β/Nodal靶基因可以反馈调控信号通。例如TGF-β信号通激活2小时,可以显着增加SnoN的;另一方面,SnoN可以Smad2及Smad3的磷酸化及Smad复合体与DNA结合,是TGF-β信号通的因子。因此,作为TGF-β/Nodal信号通的靶基因,Net1可能参与了TGF-β信号通的调控。王强研究组的研究发现,在胚胎及哺乳动物细胞中敲低net1后,了TGF-β/Nodal信号活性,致使中内胚层及其衍生器官的形成产生严重缺陷。进一步...

靶向miR-204有望改善糖尿病药物的疗效

在过去的15年里,美国阿拉巴马大学分校内分泌学家Anath Shalev博士出一种至关重要的β细胞通在糖尿病中发生功能故障。...

快捷无创!最新细胞探测术轻松疾病根源

  不过,一项既定分析发现,在一个亚组患者中观察到了临床相关的AAER降低,该亚组患者中与IL-13活性升高相关的生物标志物表现出升高。阿斯利康表示,未来在对第2个关键性III期临床研究STRATOS-2进行数据分析时,将重点关注这一亚组患者。目前,STRATOS-2研究正在进行中,预计将在2017年下半年获得数据。...

自分泌干扰素通对胶质瘤细胞免疫逃避的影响

作者发现在胶质瘤初始细胞(glioma-initiating cells,GICs)的T-325和ZH-161细胞系中,存在高表达的粘液病毒耐受蛋白A(myxovirus resistance proteinA,MxA),即一种IFN信号通活化标记物。采用生物信息学分析癌症基因组图谱(TCGA)数据库和免疫组织化学检测显示,随着脑胶质瘤WHO病理学分型级别的增高,MxA的表达逐渐增强;在胶质母细胞瘤中,MxA的表达最高。高MxA表达的患者,时间更短(图1)。...

450K甲基化芯片数据处理传送门

  与测序相比,芯片的处理可能对计算资源的要求是不算高,主要使用的工具就是R,R的使用比较耗内存,尤其是处理大批量数据的时候。...

科学家发现干细胞身份的新型调节子

  随着多细胞有机体的起源,多能干细胞就能够分化成为机体所有类型的细胞,这些细胞能在培养基中无限增殖,因此其被认为是不朽的,而多潜能性的黄金标准就是胚胎干细胞(ESC)。诸如皮肤细胞等体细胞能够被重编程产生iPSCs,而新产生的ipsCs和ESCs一样具有类似的特性;同样地,多能干细胞对于再生医学研究至关重要,因为其可以作为健康分化细胞的潜在来源,包括神经元细胞等;此外,这些细胞还能代表一类无价的资源,帮助研究人类的发育机制以及多种疾病的发病原因,比如阿尔兹海默病或帕金森疾病等。...

质粒提取:牙签法小量制备质粒DNA

以下介绍的简易操作方法是有 Barns 修订的方法,它对于大菌落(直径 2-3mm )很有效,而且所获 DNA 的量足够琼脂糖电泳时一个泳道的上样量....